viernes, 20 de septiembre de 2019

High School Students for Agricultural Science Research (Vol. 8). Project Mars

La Estación Experimental del Zaidín acaba de publicar el último número de la revista High School Students for Agricultural Science Research (vol. 8). En ella se recogen los resultados de los proyectos desarrollados a lo largo del curso anterior en los que junto a nuestro alumnado de cuarto y primero de ESO colaboraron investigadores de ese centro del Consejo Superior de Investigaciones Científicas y del Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra, también perteneciente al CSIC y a la Universidad de Granada. 
Los proyectos estuvieron dedicados al estudio de materiales volcánicos terrestres como análogos del suelo de Marte, proyecto que contó con la colaboración de Concepción Jiménez de Cisneros y Alberto López Galindo (IACT, UGR-CSIC), al estudio de la posibilidad de que microorganismos terrestres pudieran sobrevivir en un entorno marciano -dirigido por Manuel Espinosa Urgel (EEZ-CSIC)- y al estudio de las condiciones que pudieran permitir el crecimiento de plantas en suelos marcianos, dirigido por los investigadores de la EEZ José Manuel Palma Martínez, Carmelo Ruiz Torres y Manuel Espinosa Urgel.
La revista está disponible en la web de la Unidad de Cultura Científica e Innovación de la Estación Experimental del Zaidión y se puede descargar desde el siguiente enlace:

martes, 4 de junio de 2019

Proyecto Marte: Cómo redactar nuestros artículos científicos

Decía Faraday que cuando se lleva a cabo una investigación hay que hacer tres cosas: la primera iniciarla; la segunda concluirla y la tercera publicarla. Estamos concluyendo en estos días la fase experimental de nuestro proyecto por este curso y ahora es el momento de preparar nuestros artículos científicos para da a conocer nuestros resultados.

Los artículos científicos son textos con un formato específico y unas secciones habituales. Puede parecer algo complicado en un principio, pero no es así. Estando las cosas tan estructuradas facilita la redacción de los mismos.

Se incluyen varios documentos para facilitar la tarea:
Cómo preparar un artículo científico. Texto. (Descargar).
Presentación esquemática sobre la estructura de un artículo científico. (Descargar)
Número 7 de la revista High School Students for Agricultural Science Research (HSSASR). Contiene los artículos preparados por el alumnado durante el curso anterior con el proyecto de exoplanetas. Se accede desde este enlace.

viernes, 31 de mayo de 2019

Proyecto Marte: Observamos nuestras bacterias con los medios de la Estación Experimental del Zaidín

Concluimos la fase experimental de nuestro proyecto sobre Marte con una visita a la Estación Experimental del Zaidín, con dos objetivos. En primer lugar conocer las instalaciones del centro de investigación desde donde nos dirigen y asesoran en nuestros proyecto. En segundo lugar conocer visualmente a nuestras bacterias con los sofisticados  medios con los que cuenta este centro del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.
El pasado 28 de mayo el alumnado de cuarto de ESO al llegar a la EEZ fuimos recibidos en su salón de actos por Manuel Espinosa, quién nos describió el centro y los grupos de investigación que lo conforman. Seguidamente nos dividimos en dos grupos, uno de los cuales fue con Manuel a hacer una visita a las instalaciones de la Estación Experimental del Zaidín mientras que el otro se dirigió a los laboratorios de microscopía donde fue atendido por Juan de Dios Alché. A media mañana, nos intercambiamos de modo que ambos grupos pudiéramos disfrutar de las mismas experiencias.
Por un lado visitamos las cámaras de cultivo, los invernaderos y distintos laboratorios de la EEZ. Observamos cultivos de diversas plantas, entre ellas Arabidopsis thaliana, una de las plantas con las que llevamos a cabo nuestros experimentos sobre crecimiento de plantas en análogos de suelo marciano. De esta manera podremos compara cómo crecen nuestras plantas con respecto a las que vimos y sacar conclusiones acerca de cómo influyen las condiciones a las que las hemos sometido en nuestro laboratorio.




Con Juan de Dios Alché aprendimos diversas técnicas para la preparación de microorganismos para su observación, por un lado para microscopía óptica de alta resolución y por otro para microscopía electrónica. En la visita nos explicó el fundamento de ambos microscopios y procedimos a la preparación de muestras para cada uno de ellos. Especialmente interesante fue la preparación de nuestras bacterias para la observación con el microscopio electrónico. Pudimos aprender como en lugar de los portaobjetos y cubreobjetos de vidrio usados en microscopía tradicional, se utilizan rejillas de metal de poco más de 3 mm sobre la que se dispone una película de plástico sobre la que se fijan nuestras bacterias. Estas fueron teñidas con ácido fosfotungstico para facilitar su visualización. Y ya sobre los microscopios conocimos las particularidades de cada uno de los instrumentos, destacando en el caso del electrónico cómo la fuente de iluminación son electrones que se aceleran y como se consigue aumentar la imagen miles de veces al pasar por lentes de naturaleza electromagnética, construidas con electroimanes. El resultado es una imagen proyectada sobre una pantalla de fósforo de la que un sistema informático también obtiene imágenes en un ordenador.



Las imágenes obtenidas fueron espectaculares. Abajo incluimos microfotografías de dos de las bacterias con las que trabajamos, las superiores obtenidas mediante microscopía óptica y la tercera por microscopía electrónica de transmisión.

Bacillus megaterium
Pseudomonas stutzeri
Pseudomonas stutzeri observada al microscopio electrónico. Destaca la presencia de flagelos.
Gracias a esta visita, y en relación con nuestro proyecto sobre Marte, tenemos más datos para valorar los resultados de nuestros experimentos así como imágenes que nos van a permitir hacernos una idea mucho más precisa de cómo son los microorganismos con los que trabajamos y que postulamos como candidatos a sobrevivir en las condiciones del planeta rojo. Desde aquí nuestro agradecimiento a la Estación Experimental del Zaidín y especialmente a Manuel Espinosa y a Juan de Dios Alché por hacerlo posible.

martes, 21 de mayo de 2019

Proyecto Marte en el aula

Nuestras compañeras Natalia Díaz e Inmaculada Sánchez han preparado un bonito video sobre las actividades que desarrollamos desde distintos departamentos en el proyecto sobre Marte. Se presentan nuestras experiencias con bacterias y con los cultivos de plantas en suelos marcianos simulados, las que desarrolla nuestro compañero Jorge Rodríguez, del departamento de Química, el diseño de robots que dirige Marién Garrido y actividades desarrolladas en la Semana Solar. Una bonita forma de divulgar nuestras actividades.


jueves, 16 de mayo de 2019

Proyecto Marte: Tolerancia a la radiación ultravioleta

Sabemos que la atmósfera de Marte es muy tenue y por tanto no tiene capacidad para absorber la radiación que llega procedente del espacio. Esto convierte a la superficie de Marte en un ambiente inhóspito para la vida.


En nuestro proyecto hemos valorado la supervivencia de nuestros microorganismos a la radiación ultravioleta. Para ello hemos colocado sobre placas de Petri 100 microlitros de cultivos de cada una de ellas y hemos dejado que se absorba. Posteriormente hemos tapado media placa con papel de aluminio y hemos irradiado durante un minuto con una lámpara de luz ultravioleta a 254 nm. Del mismo modo hemos repetido este experimento con tubos que contienen nuestro símil del suelo marciano esterilizado.


Ya tenemos resultados para nuestros cultivos en placa. Los tubos los dejaremos incubando durante varios días más. He aquí la imagen con las seis placas.
 

Como véis, las placas muestran un aspecto claramente diferente entre ellas. La que contiene Bacillus megaterium presenta un crecimiento de las bacterias distinto a las otras. ¿Cómo podemos interpretar estos resultados? ¿Qué creéis que ha pasado? ¿Tenéis algunas sugerencias con las que mejorar nuestros resultados? ¿Qué deberíamos hacer? Os espero en la sección de comentarios.

Update
Como habíamos visto, nuestros resultados no eran claros principalmente porque salvo en la placa de Bacillus megaterium no se extendieron bien las gotas con las bacterias. Probablemente irradiamos antes de que se secaran con lo que, aunque la luz ultravioleta afectase a las bacterias, las vivas se extendieron a lo largo de la placa dando los resultados que vemos.
Manuel Espinosa ha repetido el experimento en la Estación Experimental del Zaidín. Nos ha enviado una imagen con los resultados. La línea roja separa la porción irradiada de la no irradiada y se pueden ver claramente los efectos de la luz ultravioleta sobre el crecimiento de los microorganismos. ¿Qué podríamos esperar si las bacterias viviesen en la superficie de Marte?


lunes, 13 de mayo de 2019

Proyecto Marte: Tenemos un problema

El pasado miércoles valoramos de nuevo la supervivencia de nuestras bacterias a los cambios de temperatura que hay en Marte. Han pasado unos dos meses desde que iniciamos estos experimentos. Pero algo no ha ido bien. Os adjunto en primer lugar la imagen de hace un mes y en segundo lugar la que muestra el crecimiento de las bacterias tras el último experimento.



Para intentar aclarar qué está sucediendo con nuestras placas hemos tomado una muestra de todas ellas, salvo la de Escherichia coli en la que se observa un solo tipo de colonias similar a las obtenidas en el experimento anterior, y la hemos extendido en placa para ver los tipos de colonias que crecían y así poder compararlas con las de los otros experimentos. Esta es la imagen de las placas tras incubarlas:


¿Qué observamos en las placas? ¿Hay diferencias entre ambos experimentos? ¿En qué sentido? ¿Son coherentes los resultados con los supuestos que nos planteamos, es decir, que los cambios de temperatura pueden afectar a la supervivencia de nuestros microorganismos? ¿Qué ha podido pasar? ¿Qué podemos hacer para aclarar la situación?

domingo, 12 de mayo de 2019

La aparición de la vida en la Tierra y en el Universo

Sabemos que la propia evolución del universo explica cómo se originaron los elementos de la vida. Retrocediendo en el tiempo sabemos cómo evolucionó desde formas simples a otras más complejas. Sin embargo, el gran reto de la Biología es saber cómo se organizaron aquellas biomoléculas primigenias para dar origen a los primeros seres vivos. Este ha sido el tema de la conferencia impartida por Juan Antonio Aguilera Mochón, profesor del departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Granada y autor de diversos libros sobre el origen  y evolución de la vida en la Tierra y en el Universo.
Comentó como a esta pregunta se ha intentado dar respuesta desde diversos ámbitos. Posibles respuestas contemplan a Dios -algo no demostrable científicamente-, a un origen extraterrestre de la vida, lo conocido como la hipótesis de la panspermia o al origen propiamente terrestre. Otra cuestión muy importante es si la vida surge por azar o es algo inevitable. En cualquier caso, los seres vivos, por sencillos que fuesen, requerirían una serie de sistemas biológicos que habían de estar presentes en todos ellos: sistemas genéticos, sistemas de membranas que aíslen el contenido del medio externo y metabolismo.
La Tierra se originó hace unos 4.600 m.a. y la vida surgió relativamente pronto, hace unos 3.900 m.a. en un ambiente anóxico. En este entorno planteó dos posibilidades: vida en la superficie, como planteaban científicos como Oparin o Haldane, o en el fondo del mar, en la proximidad de chimeneas volcánicas que aportasen calor y catalizadores para las reacciones bioquímicas. Nuestras formas de vida se fundamentan en el carbono; el silicio, con estructura atómica similar, no tendría la versatilidad de este para formar las biomoléculas. También existen modelos en los que la vida podría estar basada en hidrocarburos en lugar de agua.
En cualquier casos, todos los seres que hoy existimos provenimos de un antepasado común que no necesariamente tuvo que ser un solo individuo. Juan Antonio Aguilera se refirió a este como LUCA (Last Unique Common Ancestor). Probablemente las primeras formas de vida estuvieron basadas en el ARN, dada su capacidad catalítica.
Juan Antonio Aguilera concluyó diciendo que aunque no está aún claro el origen de la vida en la Tierra sí que lo está su destino. Dentro de unos miles de millones de años el Sol se convertirá en una gigante roja que engullirá a la Tierra. En ese momento la única opción de nuestros descendientes, si los hubiera, sería abandonar nuestro planeta y buscar un destino en otro lugar del universo.



Perspectivas de la evolución: un enfoque interdisciplinar

¿Se contempla la evolución desde la misma perspectiva desde las distintas disciplinas del conocimiento o cada una de ellas puede aportar matices que lleven a una concepción más completa del hecho evolutivo? Este es el planteamiento que ha reunido en nuestro instituto a Carlos Abia (físico teórico), Julio Aguirre (paleontólogo), Carmen J. García (antropóloga), Carmelo Ruiz Rejón (genetista) y a Isaías Largo (filósofo y teólogo) en una muy interesante mesa redonda en la que de un modo muy ameno y distendido han aportado sus ideas sobre la evolución biológica.
Carlos Abia habló del origen y evolución del universo y de la expansión acelerada del mismo; de cómo la evolución estelar ha dado lugar a los elementos que componen los seres vivos y cómo estos se combinan para dar moléculas orgánicas complejas. Sin embargo aún permanece la gran incognita: no se conoce cómo estas últimas se organizaron para formar seres vivos.
Julio Aguirre destacó que el aspecto más relevante con el que la paleontología contribuye al conocimiento de la evolución es a partir del registro fósil. A pesar de que es muy escaso -se ha conservado menos de un 1% de los organismos que han existido- marca las evidencias de la evolución y demuestra que somos parte de un linaje evolutivo. Comentó modelos como el del equilibrio puntuado, propuesto por el paleontólogo Stephen Jay Gould o ideas como la de la contigencia de la vida, algo que puede ser no no ser, como demuestran las extinciones en masa.
Carmelo Ruiz Rejón comentó el cambio de paradigma que supusieron las ideas de Darwin y Wallace en la biología y en el pensamiento actual con el concepto de selección natural. Años después, el conocimiento de la genética daria lugar al neodarwinismo o teoría sintética, el modelo más aceptado. Comentó teorías posteriores como el neutralismo, el mutacionismo o el saltacionismo que, más que alternativas, suponen complementos a esta teoría.
Carmen J. García resaltó que los cambios evolutivos que condujeron a la aparición de nuestra especie son los mismos que para el resto de los seres vivos, incluso para aspectos tan complejos como el comportamiento. Nuestra propia evolución nos ha hecho mirarnos a nosotros mismos, compararnos con otras especies próximas e incluso nos ha dado la posibilidad de intervenir tanto en nuestro  propio proceso evolutivo como en el de otros seres vivos. A la vez nos aporta una lección de humildad puesto que somos una especie más en todo este proceso y algunos de nuestros logros también los tienen especies cercanas. Aunque de ellos nos diferencia nuestra gran capacidad de observación, de asociación, la inteligencia... y todo ello hasta el punto que nos aterra saber tanto de nosotros mismos, y sobre todo, de entrever nuestro destino.


Isaías Largo comentó la necesidad de los seres humanos de comprender la realidad. Al principio acudiendo a los mitos, después a la razón mediante la filosofía. Aunque esta misma planteó la necesidad de un ente superior -el "nous" de Anaxágoras-, o lo que es lo mismo, la idea de un dios que se va a quedar para siempre. Se niega el cambio y Platón propone los mundos de las ideas y real, concepción adoptada por las tres grandes religiones monoteistas. Tras Aristóteles, Averroes o Santo Tomás de Aquino, que intentan aunar las verdades de la fe y la razón, la filosofía mira hacia la razón con Descartes y esto hace que surjan ideas como las de Darwin, en quien también se manifestó el conflicto ciencia-religión y quien acabo definiéndose como agnóstico.
Concluyó diciendo que la filosófía debe ver las diversas connotaciones de la teoría de la evolución, debe ser crítica del mito, de la superstición y del dogmatisno y debe dejar hablar a la ciencia.
Tras las intervenciones tuvo lugar un muy interesante turno de intervenciones que indudablemente hicieron que todos los que asistimos acabáramos con una visión mucho más amplia de la teoría de la evolución y de su impacto en nuestra sociedad y en pensamiento actual.

Manuel Rodríguez -director del instituto-, Jamila Al Rachidi -presidenta de la AMPA, Carlos Abia, Isaías Largo, Carmen J. García, Julio Aguirre, Antonio Quesada, Carmelo Ruiz Rejón y Francisco Martínez-Abarca, investigador de la EEZ que nos acompañó en la actividad.

Se puede acceder al contenido de la mesa redonda desde este enlace.

miércoles, 8 de mayo de 2019

De cómo la teoría de la evolución llegó a Granada

Este martes 30 de abril ha sido un día con importantes actividades dentro de nuestra semana científica. Se ha iniciado con la conferencia titulada Darwin y nosotros, pronunciada por el catedrático de Ciencias Naturales y antiguo director del Museo de Ciencias Naturales del IES Padre Suárez, Luis Castellón Serrano. Luis es el último ocupante de la cátedra de ciencias de ese instituto que varias generaciones antes ocupara Rafael García y Álvarez, uno de los pioneros en difundir las ideas de Darwin en España y el primero en Granada. En la actualidad es el presidente de la Asociación Nacional para la Defensa de los Institutos Históricos.


Le habíamos hecho un encargo complicado que sin embargo resolvió con una gran maestría y elegancia. Le pedimos que hablase, como así hizo, de cómo las teorías evolutivas llegaron a una sociedad granadina del siglo XIX donde se encontró grandes obstáculos como los protagonizados por el arzobispo Monzón -que llegó a organizar una quema pública de sus obras- y de la historia del proyecto más personal de Luis, la recuperación de todo el legado de García y Álvarez y la organización del mismo en un trabajo inmenso, y probablemente no lo suficientemente reconocido, que cristalizó en el magnífico museo que él dirigió durante años y que es todo un referente en la historia de la ciencia en Granada.
Espléndida y muy amena conferencia seguida con gran interés por el alumnado de Biología y Geología de primero y cuarto de ESO como se pudo comprobar con la gran cantidad de preguntas al ponente y en la que contamos con la presencia de nuestra compañera María Ángeles Rubio Prats, recientemente jubilada y quien también participó, junto a Luis Castellón, durante varios años en las tareas divulgativas del museo. Desde aquí nuestro reconocimiento.


El Enigma Agustina y la identificación de microorganismos

Un baúl que aparece en el palacio de El Pardo y que perteneció a Franco... Una tesis doctoral escrita por una mujer de la que no hay registros...  Unos discos antiguos de pizarra... Fotos, recuerdos... Todos estos elementos son el punto de partida de una investigación que finalmente sacará a la luz quien fue Agustina Ruiz Dupont. 
Este es el argumento de la película documental El Enigma Agustina, realizado por el Instituto de Astrofísica de Andalucía sobre una gran desconocida de la historia de la ciencia española, una mujer coetánea de Marie Curie, Albert Einstein, Werner Heisenberg -a los que conoció personalmente- y discípula de Blas Cabrera, quizá el físico más importante que ha dado la ciencia en nuestro país. 
Y la gran fortuna de poder proyectar en nuestra Semana Solar esta película que está triunfando en festivales y salas de exposición de todo el mundo y de que haya sido presentada por dos de sus realizadores y actores, Emilio J. García y Manuel González, miembros del Instituto de Astrofísica de Andalucía (CSIC). 


Y en lo puramente científico una más que interesante conferencia impartida por el investigador del departamento de Microbiología y Sistemas simbióticos de la Estación Experimental del Zaidín (CSIC) Francisco Martínez-Abarca, a la que asistió el alumnado de la familia profesional de Química y el alumnado de Biología y Geología de cuarto de ESO que participa en el proyecto de microbiología y Marte. A lo largo de la charla desgranó la evolución que han seguido los métodos de identificación de microorganismos en un recorrido que se iniciaba en Pasteur y Koch y finalizaba en las actuales técnicas basadas en la genómica, con la aplicación de técnicas como la reacción en cadena de la polimerasa o la secuenciación del ADN, y en la proteómica. Una magnífica charla en la que destacó el papel que los técnicos tienen en la investigación y en la necesidad de que se formen en estos procedimientos.


lunes, 29 de abril de 2019

Inauguración de la XXII Semana Solar: Origen y evolución de los átomos


Estamos dedicando la XXII Semana Solar a Evolución, en el sentido más amplio de la palabra. Desde una perspectiva biológica recorreremos un camino que nos llevará desde el origen del universo hasta el proceso que nos ha hecho humanos. Abordaremos cómo la evolución llegó a Granada y cómo se ve esta teoría desde distintas perspectivas.
Inauguramos esta andadura con la conferencia impartida por Enrique Pérez Jiménez, profesor de investigación del Instituto de Astrofísica de Andalucía (CSIC), titulada Una breve historia de los átomos: la evolución química del universo. Charla que, además, ha resultado muy oportuna dado que este año se conmemora el aniversario del establecimiento del sistema periódico de los elementos por parte de Mendeleyev.
Enrique Pérez Jiménez se encargado de conducirnos de forma amena y muy interesante, a través de un viaje que se inicia en el Big Bang, en los procesos mediante los que se originaron los primeros elementos químicos en lo conocido como nucleosíntesis primordial, los procesos  de formación que tienen lugar en el interior de las estrellas a lo largo de su vida o aquellos que conducen a la aparición de elementos pesados cuando estas mueren en colosales explosiones como son las supernovas. Nos ha hablado de distancias en el universo, del origen y evolución de las galaxias, de la vida de las estrellas y de las diferencias entre la composición de los seres vivos y el resto del cosmos.
La charla ha concluido con unas citas de Carl Sagan, astrónomo y divulgador, a propósito de la imagen captada por la sonda Voyager antes de abandonar el sistema solar, leídas por Carmen de la Torre y, que por su belleza, transcribimos aquí:


"Pudimos tomar esa fotografía desde el espacio profundo y, si la miráis, podéis ver un puntito. Ese puntito es aquí mismo. Nuestro hogar. Nosotros. Sobre ese puntito, todas las personas de las que hayáis oído hablar, todos y cada uno de los seres humanos que han vivido, ahí es donde lo han hecho. La suma de todos nuestros gozos y nuestros sufrimientos, miles de religiones seguras de su doctrina, ideologías y doctrinas económicas, cada cazador, cada recolector, cada héroe y cada cobarde, cada creador y cada destructor de civilizaciones, cada rey y cada siervo, cada una de las parejas de enamorados, cada niño ilusionado, cada madre y cada padre, cada explorador, inventor, profesor de moral, cada político corrupto, cada personaje famoso, cada líder supremo, cada santo y cada pecador en la historia de nuestra especie, vivieron ahí, en esa mota de polvo suspendida en un rayo de sol. 
La Tierra es un escenario diminuto en la vasta arena cósmica. Pensad en los ríos de sangre derramados por todos esos generales y emperadores para, bañados en gloria y triunfo, poder ser durante un momento señores de una fracción de un puntito. Pensad en las crueldades sin fin que los habitantes de una parte de ese puntito han ejercido y ejercen sobre los habitantes de otra parte de ese puntito. Qué frecuentes los malentendidos, qué deseosos de matarse unos a otros, qué fervientes sus odios. Nuestras poses, nuestra imaginada importancia, el espejismo de que tenemos una posición privilegiada en el universo ... este puntito de luz desafía todo esto. Nuestro planeta es una mota en la gran oscuridad cósmica. En nuestra oscuridad - en esta inmensidad - no hay ninguna indicación de que vayamos a recibir ayuda de ninguna parte que nos salve de nosotros mismos. Dependemos sólo de nosotros mismos. Se suele decir que la astronomía es una experiencia que nos hace más humildes, yo añadiría que nos hace madurar. Para mí, no existe una demostración mejor de la insensatez de la vanidades humanas que esta distante imagen de nuestro pequeño mundo. Para mí, subraya nuestra responsabilidad de relacionarnos unos con otros con más bondad y compasión, y nuestra responsabilidad de preservar y querer a este puntito azul, el único hogar que hemos conocido.” 





Proyecto Marte: análisis de resultados

He leído todos vuestros comentarios, y me alegra ver que le habéis dedicado tiempo a pensar sobre las preguntas que se os planteaban. Eso es lo más importante, que seáis capaces de analizar los resultados y plantear nuevas hipótesis y experimentos. Esencialmente, así es como funciona el método científico. Ahora, vamos a combinarlo con mi experiencia (que es simplemente una cuestión de años trabajando en un tema, y no de capacidades), para ir viendo algunas cuestiones.
1) La supervivencia de las bacterias en las condiciones analizadas. Como habéis señalado casi todos, nuestras bacterias han sobrevivido, pero con diferencias entre unas y otras, que se reflejan en el número de colonias. Así, mientras que de E. coli hay unas 300 colonias, de P. putida o P. stutzeri habrá unas 5-6 veces más. Podemos hacer las siguientes aproximaciones:
Halomonas: 150; E. coli: 300; B. subtilis: 600; P. putida: 2000; P. stutzeri: 2000.
Como habéis dicho, sembramos 100 microlitros de cada muestra, en la que había 500 microlitros. Así que tenemos que multiplicar por 5 el número de colonias para saber el número de bacterias total en la muestra. A su vez, cada muestra tenía 0.5 g de suelo. Normalmente los datos se dan como "unidades formadoras de colonia" (UFC; una forma pija de decir bacterias) por gramo de suelo (no por miligramo), que es además la unidad base. Por tanto tendríamos:
Halomonas: 150 x 5 x 2 = 1500 UFC/g suelo; etc...
PERO: ¡¡hay una cuestión que no habéis tenido en cuenta!! Para poder decir si una bacteria es más o menos resistente, tendríamos que saber el número de células del que partíamos. Si de entrada hubiéramos puesto 3000 células de E. coli, su supervivencia sería del 100%, mientras que si de P. putida hemos partido por ejemplo de un millón y recuperamos 20.000, tan solo habrían sobrevivido un 2% de la población inicial.
Tranquilos, en este caso hemos puesto de partida un número similar de bacterias en todos los casos (alrededor de 10e9, es decir 1.000.000.000 bacterias). Ahora sí, podéis calcular el % de supervivientes...
2) El caso de Bacillus megaterium y la posible contaminación. Mi hipótesis es que podría estar contaminado porque aparecen dos tipos de colonias, unas grandes y blancas y otras amarillentas más pequeñas, algo que no hemos visto en experimentos anteriores. ¿Cómo comprobarlo? Algunos habéis estado cerca. Habría que ver qué aspecto tienen las colonias de un cultivo que estemos seguros de que es B. megaterium, en el medio que estamos usando. La microscopía puede ayudar, no solo morfología sino también haciendo una tinción de Gram (a buscar en Wikipedia!). También podríamos aislar cada tipo de bacteria que vemos en la placa y realizar algunos ensayos bioquímicos, informándonos antes de lo que se sabe de la biología de la bacteria: si es capaz de utilizar determinadas fuentes de carbono, fermentar azúcares, y cosas asi. Pero lo que nos daría la seguridad al 100% sería hacer una prueba genética (casi como una prueba de paternidad), puesto que el genoma de esta bacteria se conoce. De esto podemos hablar el próximo día.
3) Próximos experimentos a plantear: Algunos habéis dicho algo muy acertado: hasta ahora hemos probado cada condición de forma aislada (cloratos, vacío, temperatura), pero en Marte se van a dar varios factores a la vez. Así que de aquí a final de curso intentaremos diseñar algún experimento "combinado". 
Manuel Espinosa Urgel

domingo, 7 de abril de 2019

Proyecto Marte: Crecimiento de las plantas

El pasado jueves se cumplían tres semanas desde que sembramos nuestra semillas. Tras un periodo de tiempo inicial en oscuridad, se están iluminando durante 16 horas cada día y se mantienen durante 8 en oscuridad. En función de sus necesidades hídricas se riegan bien con agua destilada o bien con solución nutritiva en función del tipo de experimento.
Las imágenes que se adjuntan muestran el desarrollo de las mismas durante estas primeras tres semanas.
En los controles podemos apreciar que están creciendo muchas plantas. Sin embargo, al utilizar tierra del huerto sin esterilizar cabía esperar que contuviese semillas, por lo que ahora y hasta que no identifiquemos claramente a Arabidopsis y a nuestros pimientos, no podemos sacar conclusiones definitivas ya que nos están creciendo muchas otras cosas. Os podéis hacer una idea comparando el número de plantitas en los controles con cualquiera de las macetas con suelo análogo de Marte, ya que en todas ellas se puso aproximadamente el mismo número de semillas (seis en el caso de pimiento, dos o tres por cada posición de Arabidopsis para asegurar que al menos germinase alguna en cada lugar).
Donde sí que podemos ir valorando ya nuestros resultados es comparando los distintos tratamientos con los cultivos en los que únicamente hemos puesto nuestro análogo del suelo de Marte y las semillas con el resto de los tratamientos. Estos representarían las condiciones más pobres en las que nuestras semillas podrían germinar y crecer.


Cultivos de Arabidopsis thaliana durante las tres primeras semanas posteriores a la siembra de las semillas.

Cultivos de Capsicum annuum durante las tres primeras semanas posteriores a la siembra de las semillas.

Nuestras plantitas de Arabidopsis aún son muy pequeñas como para hacer una valoración apropiada, aunque en algunas ya están saliendo las primeras hojitas (que no debemos confundir con los cotiledones). Por el contrario, nuestras plantas de pimiento son más grandes y sí que se puede apreciar mejor las posibles diferencias entre las condiciones de cultivo.
¿Apreciáis alguna diferencia entre los distintos tratamientos? Aunque las fotos nos pueden ayudar  a sacar algunas conclusiones, es mucho más interesante observar en el laboratorio cómo van evolucionando nuestros cultivos. Os invito a ello y espero vuestras valoraciones.

viernes, 29 de marzo de 2019

Proyecto Marte: Conocemos a las plantas de nuestro proyecto

En entradas anteriores hemos justificado la elección de las plantas que estamos utilizando en nuestro proyecto sobre el suelo de Marte, Arabidopsis thaliana y Capsicum annuum, la variedad conocida como pimiento de Padrón. Es ahora el momento de que conozcamos algo sobre ellas.
Arabidopsis es una planta modelo ampliamente utilizada en la investigación, perteneciente a la familia de las crucíferas, cuyo genoma fue el primero secuenciado en un vegetal. Es una planta herbácea anual, de pequeño tamaño, lo que la hace especialmente apropiada para nuestros experimentos. Su altura oscila entre los 10 y los 30 centímetros; presenta una roseta basal con hojas anchas de la que crece el tallo, con hojas más delgadas. La flores son muy pequeñas, blancas y se agrupan en inflorescencias. El fruto mide hasta unos dos centímetros de largo y unos dos milímetros de ancho, y puede tener unas treinta semillas. En la entrada anterior de este blog nos podíamos hacer una idea de su pequeño tamaño. Otra  característica importante para nuestros experimentos es que su ciclo de vida es corto, pudiéndose completar en el laboratorio en unas ocho semanas. Florece entre febrero y junio. Cuando el fruto está maduro, se abre y dispersa las semillas.
El pimiento de Padrón es una variedad de pimiento, Capsicum annuum. Pertenece a la familia de las solanáceas, en la que también se incluyen la patata, el tomate o la berenjena. Sus flores presentan el cáliz acampanado y terminado en 5 dientes; la corola es normalmente blanca, con 5 pétalos unidos en la base formando un tubo corto y acampanado. Esta variedad se caracteriza porque sus frutos de son de pequeño tamaño, normalmente en torno a unos 5 o 10 centímetros. Son de color verde y tienen sabor intenso, en ocasiones picante. La planta adulta puede llegar a alcanzar una altura comprendida entre los 80 cm y un metro y tiene grandes raíces. 
Podemos ver el aspecto de estas plantas en las imágenes que nos ha proporcionado Carmelo Ruiz, uno de los investigadores de la Estación Experimental del Zaidín que conducen nuestras experiencias.  Esas etapas serán lo que podremos observar si tenemos éxito en nuestro proyecto y conseguimos que esas plantas se desarrollen en el análogo del suelo de Marte en las distintas condiciones que estamos ensayando.


miércoles, 27 de marzo de 2019

Proyecto Marte: Nuestras bacterias sobreviven a los cambios de temperatura

Hace aproximadamente un mes iniciamos los experimentos encaminados a ver si nuestras bacterias eran capaces de sobrevivir a las condiciones de temperatura que tienen lugar en torno al ecuador de Marte. Se estima que en la mejor situación las temperatura oscilarían entre los 15-20 ºC durante el día aunque descenderían a los -80 ºC durante la noche.
Para simular estas condiciones preparamos tubos con tres gramos de nuestro análogo del suelo de Marte y los inoculamos con 500 microlitros (0,5 ml) de cultivo líquido de cada uno de nuestros microorganismos. Seguidamente se sometieron a ciclos alternantes de congelación a -80 ºC y de descongelación a temperatura ambiente en la Estación Experimental del Zaidín.


Ayer por la mañana Manuel Espinosa extrajo 100 mg de material de cada uno de los seis tubos que previamente habíamos inoculado con las bacterias en seis tubos ependorf. Ya en el instituto les añadimos 500 microlitros de medio de cultivo LB estéril, mezclamos bien y se sembraron 100 microlitros en cada una de las placas de Petri con medio LB sólido. 
El aspecto que presentaban las placas a las 24 horas de incubación es el que muestra la imagen adjunta. Si se observa con detalle, en la placa de Bacillus megaterium aparecen dos tipos de colonias, unas pequeñas y abundantes y otras más grandes, blanquecinas y muy escasas. Manuel Espinosa apunta hacia una contaminación de la placa.


Del mismo modo, incubamos los tubos ependorf con el suelo, los microorganismos y el medio de cultivo restante durante 24 horas. En el caso de que hubiese bacterias vivas, aunque estuviesen en pequeña cantidad, se dividirían observándose turbidez en el medio. La imagen de abajo muestras el aspecto de los tubos comparados con otro que contiene únicamente medio estéril. En todos ellos se apreciaba turbidez. El orden de los mismos equivale al orden de las placas en la imagen superior.


¿Qué conclusiones sacamos de nuestros experimentos con respecto a la supervivencia de nuestros microorganismos en Marte? ¿Qué proponéis hacer ahora con respecto a la tolerancia a la temperatura en Marte?
Y ahora unas cuestiones un poquito más complicadas. Cada una de las colonias que observamos en las placas se ha originado a partir de cada una de las bacterias que había en el suelo simulado de Marte inoculado. Contar el número de colonias que hay en las placas equivale a saber cuántas bacterias había en los 100 microlitros de medio con los que hemos inoculado las placas. ¿Cuántas células de Escherichia coli y de Halomonas sp. hay en cada miligramo de suelo? ¿Nos atreveríamos a contar las colonias de Bacillus subtilis?
Y una última que nos propone Manuel Espinosa. ¿Cómo podríamos saber si en la placa de Bacillus megaterium ha habido contaminación por otra especie bacteriana? Es importante que lo comprobemos. Espero vuestras respuestas.